Y a-t-il une interaction de reconnaissance entre les oligosaccharides et l'ADN ?
Publié le 30/05/2015
Extrait du document
Ces résultats suggèrent une relation de reconnaissance entre certains enchaînements nucléotidiques de la double hélice et le pseudo-oligosaccharide. Celui-ci interviendrait pour acheminer l'aglycone réactive vers un site particulier et, peut-être aussi, en ce site, lui donner l'orientation précise la plus favorable à la rupture double brin. Une estimation grossière suggère que l'affinité de la calichéamici-ne pour la double hélice est de l'ordre de trois ordres de grandeur plus élevée que celle de la calichéamicinone. Le méthyl glycoside du pseudo-oligosaccharide, en occupant un site particulier sur la double hélice, le protège contre des agressions extérieures, par exemple la coupure par la calichéamicinone1131 et la désoxyribo-nucléase, enzyme de dégradation hydrolytique générale de l'ADN1141. On peut se demander quels sont les éléments fondamentaux dans la structure du pseudo-oli-gosaccharide. Il y a quelques résultats suggestifs : la spécificité de la coupure reste inchangée si on supprime les résidus D ou E. Par contre, la calichéamicine T, produit artificiel où ne restent plus que les sucres A et E, n'agit qu'à une concentration beaucoup plus élevée que le produit naturel, et de façon non sélective. Un problème en suspens est celui de la capacité de reconnaissance du noyau aromatique. Il est maintenant certain que l'atome d'iode joue un grand rôle dans l'inter-action1151.
«
Données du problème
dique), avec un atome de deutérium à chacune des positions x et y.
L‘interprétation est la suivante : le réactif coupe le trisulfure, en séparant l’atome
de soufre du côté de l’aglycone, qui se trouve alors sous la forme thiolate.
L‘addition de Michael du thiolate sur la cyclohexènone engendre le dihydrothio-
phène,
18.3.
Dans cet intermédiaire, le système ène-diyne est déstabilisé et il se
cyclise en biradical benzénique,
18.2, où x et y représentent, cette fois, des élec-
trons célibataires, principalement localisés en ces deux sites.
Ce biradical arrache
deux atomes de deutérium au solvant.
Avant d’examiner l’action sur l’ADN, nous rappellerons quelques conventions
d’écriture dans ce domaine.
Les majuscules A, G,
C et T représentent respective-
ment les monosphosphates de la 2‘-désoxyadénosine, la 2’-désoxyguanosine, la
2‘-désoxycytidine et la thymidine (voir le paragraphe
3.6.3).
Le symbole TCCT
représente
un fragment d’ADN de quatre nucléotides, où chaque nucléoside est
relié
à son voisin par un pont phosphodiester entre la fonction alcool en 5’ de l’un
des sucres et en
3‘ de l’autre.
Les primes sont réservées aux numéros des carbones
du désoxyribose.
La notation STCCT signifie que le pont phosphodiester relie la
fonction alcool en
3’ d’un nucléoside à la fonction alcool en 5’ du suivant, dans
l’ordre de la lecture.
Cette convention s’applique bien sûr
à n’importe quelle lon-
gueur
ou composition du polynucléotide.
Dans la double hélice de l’ADN, deux
chaînes de polynucléotides sont associées, avec la correspondance bien connue
des bases en vis-à-vis
: adénine-thymine, guanine-cytosine.
Au tétranucléotide
TCCT correspond AGGA.
Les deux chaînes sont disposées en sens inverse, si
bien que, sur cette dernière séquence, lue dans cet ordre, le pont phosphodiester
relie la fonction alcool en
5’ d’un nucléoside à la fonction alcool en 3’ de celui qui
suit.
En conséquence, le symbole complet est 3’AGGA.
La figure
18.1 représente
un fragment d’ADN en double hélice,
où l’on a représenté plus précisément les
tétranucléotides complémentaires, STCCT et 3’AGGA, qui jouent un rôle dans les
phénomènes décrits ci-dessous.
L‘identité des autres nucléotides, N, n’a provisoi-
rement pas besoin d’être précisée.
L‘aglycone de la calichéamicine se loge dans le
petit sillon entre les deux chaînes polynucléotidiques, de la façon indiquée par le.
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